Липень і серпень 1941 р. пройшли для родини Шуберт відносно спокійно. У селі замість колгоспу була створена, так звана, сільгоспобщина, яку очолив І.Романовський. Урожай того літа був відмінний. Шуберти і Бараші разом зі своїми односельцями ходили на роботу в сільгоспобщину. «Тепер будемо працювати тільки на себе», — запевняв бригадир Юхимчук Семен, сусід Шубертів. Однак реальність виявилася іншою: левову частку врожаю забирали окупанти.
Одного вечора, на початку вересня, коли Соня сиділа у себе вдома на веранді з Мішею Мельником і Олександрою (Сянькою) Медецькою, зовні пролунали важкі кроки. У супроводі місцевого рахівника Андрія Пахолюка до Шубертів прийшли німці та поліцейські. Господарів вони заштовхали на кухню. Міша і Олександра вийшли, але Міша незабаром повернувся. Німець взяв Йося Шмулевича за вуха і став бити головою об стінку. Соня поривалася стати між ними, захистити батька.
— Du bist noch jung! (Ти ще молода!) — сказав німець і відштовхнув її.
— Пустіть її, це моя наречена! — вигукнув Міша Мельник.
Пахолюк підтвердив це і пошепки сказав: «Соня, тікай!». Соня вискочила через вікно спальні в город, сховалася в кущах біля межі й звідти стежила за вікном, чи горить там світло. Вранці вона повернулася додому. Їй розповіли, що непрохані гості вимагали у батьків гроші і золото. Батька вони повели в контору сільгоспобщини, але вранці відпустили додому. За Шубертів просило все село: «Вони — хороші люди, такі самі, як і ми». В хід пішов могорич, і сім’ю залишили в спокої. Але ненадовго...
Цей день, 13 вересня 1941 року, Софія Йосипівна запам’ятала на все життя. Вранці прийшла сусідка Герасимчук Христя і сказала Соні: «Бригадир просив передати, щоб ти йшла на поле та взяла з собою копаницю». Соня працювала разом з іншими жінками. Коли вже пора було йти додому на обід, прибігла перелякана Єва, дочка Христі: «Соня, казала моя мама, щоб ти на обід не приходила. Були німці з поліцаями, заарештували твою маму, а батька не знайшли. Вони тебе скрізь розшукують. Мама моя веліла тобі йти до березини». Пішов дощ, Соня сховалася в кущах. Хтось ходив поруч, але її не помітив. На якийсь час Соня зомліла. Коли прийшла до тями, то було вже темно. Чула, що її кличуть, але не могла відповісти: на нервовому грунті зник голос. Єва знайшла її: «Мама казала, щоб ти городами прийшла зігрітися до нас у хату».
— Лізь на піч! — сказала Христя і повідала Соні про те, що Рейзя Шуберт встигла перекинути до них в город пальто, боти і теплу хустку. Ці речі згодом стали в нагоді Соні під час її поневірянь.
— Батька не бачили? — запитала Соня.
— Ні, його не знайшли. Але вони більше тебе шукали.
Пізніше Соня дізналася, що під час арешту Йось Шуберт сховався на горищі клуні у Копчука Нестора, який жив через дорогу від Шубертів. Потім він знайшов притулок у будинку Амоса Павловича Мельника, сім’ю якого пов’язували з Шубертами міцні дружні стосунки. Однак їхня дружба ні для кого в селі не була секретом, і довго залишатися там Йось Шмулевич не міг. Через деякий час він перейшов до сусіда А.Мельника — Сави Сваруна.

1950 року Житомирське обласне управління МДБ відкрило карну справу проти В.Кравчука і Ю.Дрозда (Груздюка), які служили влітку і восени 1941 р. поліцейськими в Канунах. У ході слідства стали відомими подробиці арешту трьох євреїв цього села. Одного дня, приблизно на початку вересня 1941 р., в обідній час у Кануни приїхали з Новограда-Волинського поліцейські Дерес («фольксдойче»), Я.Глущук із Киянки й троє німців у військовій формі. У конторі вони зустрілися зі старостою села Ф.Ю.Мельником, який викликав до себе поліцейських Кравчука і Дрозда. Їм було наказано спільно з міськими поліцейськими провести арешт всіх євреїв, які проживали в Канунах. Спочатку пішли до Барашів. Удома вони застали Пінхоса Янкель-Меєровича і його дочку Рахілю, які прийшли на обід після збирання конюшини. Дружина Бараша — Гіся — встигла сховатися. Заарештованих повели в контору. По дорозі Бараш Піня благав односельчан заступитися, бо він «нікому нічого поганого не зробив». У конторі залишили поліцейського Дрозда охороняти заарештованих. Потім пішли до Шуберта, але нікого вдома не застали. Незабаром Кравчук зі старостою виявили Рейзю Шуберт у будинку Анни Кучер, у якої Рейзя Янкель-Меєрівна напередодні ввечері попросилася переночувати. Рейзю також доставили в сільську управу. Тим часом Дерес і Глущук повантажили на підводу майно, що належало євреям. У будинку Піні Бараша шукали гроші, отримані ним за продану корову, але не знайшли. Викликали двох сусідів Піні, припустивши, що той передав комусь із них гроші на збереження. Однак сусіди це твердження заперечували. Тоді веліли поліцейському Кравчуку привести Піню Бараша. Останній зайшов у комору і виніс звідти пляшку, розколов її, вийняв і порахував гроші (500 карбованців), а потім передав їх старості. Той велів Кравчуку відвести Бараша назад у контору. Після цього під’їхала підвода, на яку були посаджені заарештовані Бараш Піня, його дочка Рахіля і Шуберт Рейзя. Міські поліцейські повезли їх у Новоград-Волинський.
За спогадами свідка В.Трояновського, тижнів через два після цієї події ходили чутки про розстріл заарештованих у міській в’язниці. За розповідями, почутими Софією Йосипівною після війни, односельці приносили в тюрму передачі для євреїв із Канун. Але через десять днів передачі перестали приймати... Гіся, дружина Піні Бараша, в обмін на обіцянку поліцейського Кравчука виручити її родину з біди, віддала йому швейну машину і перини. Але обіцянка залишилася невиконаною, і незабаром після арешту чоловіка і падчерки Гіся повісилася в садку.

Вночі, через декілька годин після приходу Соні Шуберт до Христі Герасимчук, в їхні двері постукали.
— Відкривайте, тут жиди!
— Тут повна хата жидів, — відповіла Христя, — тільки вас тут не вистачає. Йдіть і дивіться!
— Якщо знайдемо, то всіх розстріляємо.
Соня встигла сховатися за дверима сіней, а коли поліцейські (Глущук та інші) увійшли в кімнату, полізла в льох. Не знайшовши Соні, гості пішли шукати «жидів» у сусідніх будинках.
Після одруження з дівчиною із Канун поліцейський Глущук став часто навідуватися в це село, і залишатися надалі тут було небезпечно. Соня пішла до Емілії Тетельмайєр, яка влаштувала їй і сестрі Іді схованку на горищі. Нерідко повз будинок Тетельмайєр проїжджали поліцейські. Одного разу вони зайшли до неї:
— Кажуть, що Соня знаходиться у вас.
— Не знаю ніякої Соні.
А Соня в цей час ховалася на горищі. Як «фольксдойче», Тетельмайєр користувалася довірою в окупаційної влади. Напевно, через це поліцейські не влаштували в її хаті обшук. У Тетельмайєр Соня прожила близько двох тижнів. Але ховатися в будинку, що стоїть біля самої дороги, було занадто ризиковано.
На відстані біля 150 м від Емілії Тетельмайєр, але далі від дороги, жила полька Горлінська, вдова, з синами Домініком, близько 16 років, і Васею, близько 5 років (старший син знаходився в армії). Одного разу Тетельмайєр поділилася з нею своїм секретом, і Горлінська погодилася дати притулок Соні в своєму будинку (сестра Іда залишилася у Тетельмайєр). Але і тут Софія Йосипівна не змогла знайти спокій. Одного разу син Горлінської — Домінік — пішов у Кануни (його мати в цей час перебувала на службі в міському костьолі) і підслухав у магазині розмову поліцейських, які збиралися шукати Соню Шуберт у Горлінських. Прибігши додому, Домінік встиг попередити Соню, і вона полізла на горище. Єдиним місцем на порожньому горищі, де можна було сховатися, були рештки комина, зліпленого абияк із глини і ломачок. Поліцейські перерили у Горлінських весь будинок, один із них поліз на горище. Соня бачила його крізь щілини в комині, а він її — ні. Поліцейські побили маленького Васю. «Де Соня?» — допитували вони його. Однак Вася не видав: «У нас нікого немає».
Зима наприкінці 1941 року настала рано. Соня в цей час знову перебувала в Емілії Тетельмайєр. Вікна будинку вкрилися памороззю. Одного разу Соня почула гавкіт собак і подивилася крізь маленьку прогалинку в замерзлій шибці. Охоронці з собаками вели з боку Новограда-Волинського колону євреїв. У будинок забігла жінка з маленькою дитиною на руках і попросила хліба. Тетельмайєр дала їй шматок, і жінка з дитиною знову приєдналася до колони. Соня звернула увагу на те, що ніжки дитини були босими. Згодом земляки розповідали їй, що в березині, на південний схід від Канун, бачили сліди босих дитячих ніжок.
Одного разу взимку, коли Соня ховалася у Горлінських, до них пізно увечері хтось постукав у двері. Зайшов Замель Найман, староста с.Гульськ, у супроводі місцевих поліцейських. Коли вони заходили в кімнату, Соня, скориставшись темрявою, вискочила звідти їм назустріч, вибігла босоніж прямо на сніг і присіла за хатою. Через деякий час гості сіли в сани і поїхали. Софія Йосипівна тоді подумала, що її в темряві не помітили. Однак на другий день до Горлінських знову прийшов староста Найман.